MySQL使用環境變量TMPDIR的值作為保存臨時文件的目錄的路徑名。如果未設置TMPDIR，MySQL將使用系統的默認值，通常為/tmp、/var/tmp或/usr/tmp。如果包含臨時文件目錄的文件系統過小，可對mysqld使用“—tmpdir”選項，在具有足夠空間的文件系統內指定1個目錄。

在MySQL 5.1中，“—tmpdir”選項可被設置為數個路徑的列表，以循環方式使用。在Unix平臺上，路徑用冒號字符“:”隔開，在Windows、NetWare和OS/2平臺上，路徑用分號字符“;”隔開。注意，為了有效分布負載，這些路徑應位于不同的物理磁盤上，而不是位于相同磁盤的不同分區中。

如果MySQL服務器正作為復制從服務器使用，不應將“--tmpdir”設置為指向基于內存的文件系統的目錄，或當服務器主機重啟時將清空的目錄。對于復制從服務器，需要在機器重啟時仍保留一些臨時文件，以便能夠復制臨時表或執行LOAD DATA INFILE操作。如果在服務器重啟時丟失了臨時文件目錄下的文件，復制將失敗。

MySQL會以隱含方式創建所有的臨時文件。這樣，就能確保中止mysqld時會刪除所有臨時文件。使用隱含文件的缺點在于，在臨時文件目錄所在的位置中，看不到占用了文件系統的大臨時文件。

進行排序時(ORDER BY或GROUP BY)，MySQL通常會使用1個或多個臨時文件。所需的最大磁盤空間由下述表達式決定：
 

但在以后，對于大的表，該值可能會增加。

對于某些SELECT查詢，MySQL還會創建臨時SQL表。它們不是隱含表，并具有SQL_*形式的名稱。

ALTER TABLE會在與原始表目錄相同的目錄下創建臨時表。